南京玄奘寺位于南京城区九华山，北临玄武湖，东接太平门，西邻台城。九华山又名覆舟山，山形狭长，顶呈平行，《寰宇记》记载：周围三里，高三十丈，东接青溪，北临真武湖，状如覆舟，因以为名。后因山南山麓建有小九华寺，遂亦名小九华山，简称九华山。

1942年初冬，日本侵略者在雨花台大报恩寺三藏塔遗址挖到一石函，函内供奉有玄奘大师的顶骨舍利，并记载了唐代高僧玄奘顶骨舍利来南京安葬的经过。日军妄想占为己有，在南京人民的抗议下，日军将玄奘大师部分顶骨舍利归还给南京人民。

1943年初，汪伪政府在九华山上建了一座砖塔，供奉玄奘大师的顶骨舍利，得名三藏塔。

2003年，南京市玄武区政府及区建设局在小九华山重修寺庙，即为玄奘寺，由栖霞古寺监院传真法师住持管理。

玄奘寺掩映在绿树环抱之中，走进九华山，瞻礼玄奘寺，宛如进入了城市山林，绿树成荫，梵音佛影，环境幽雅，意境深邃。深厚的文化底蕴和良好的生态环境，使九华山景区以“九华丹青”的景点，入选南京新四十景之一。

随着明城墙的修复，钟山风景延伸到玄奘寺，明城墙宛如一条玉带，将沿线的台城、鸡鸣寺、玄武湖、九华山、玄奘寺、紫金山风景区等名胜古迹，串连在一起，形成了一条具有深厚文化底蕴、集中南京六朝文化、明代文化、民国文化特点的黄金旅游线。