舍利是佛教高僧大德涅磐火化之后形成的，有人认为是化石的一种。舍利和舍利子在佛教中享有至高无上的地位，是高僧大德生前戒定慧修行的结晶，也正是因为这样舍利子在世人眼里有着一层神秘色彩。

1981年8月扶风县境内，风雨大作电闪雷鸣，一道闪电击中了法门寺塔塔身被劈掉一半，法门寺塔的地宫也因此被发现。后来在考古工作者的努力下，在地宫中发现了4枚释迦摩尼的手指舍利。同时发现还有很多佛教的金银圣器。

根据相关历史文献记载，法门寺珍藏的佛骨舍利是我国唯一的真身舍利。其他三座保存佛骨真身舍利的佛塔，在历朝历代的灭佛运动中惨遭损毁，无处可寻。

法门寺曾经出现两次舍利发光的现象，一次为1988年农历十月初一日当庙内的高僧和几千名居士正在礼拜时，忽然舍利跃上虚空，闪出白光万道，人们在隐约在看到舍利灵相空中显现。整个天空祥云笼罩，有人迅速用相机记录下了这千年不遇的奇观。

1988年的佛光普照，使得法门寺人人皆知，从此以后游客和信众络绎不绝前来膜拜，都想再一次见看见圣光。可惜那千载难逢的奇观可遇而不可求。随后有人对1988年那次舍利放光现象提出怀疑，认为那是炒作行为，并强烈要求有关部门着手追查此事。国家组织相关人员对此调查取证，专家用科学的手段来检验那现场的照片，但是发现照片本身没有作假。为了安抚质疑者，政府部门要求法门寺管理方将那张照片从宣传材料里删除。

当人们对舍利发光的事件慢慢淡化的时候，1990年却再一次出现了舍利现象。当时香港的圣一法师和法门寺的净一法师等40名佛门大德在膜拜佛祖舍利时又一次出现了舍利圣光的现象，圣光经过两位法师的头顶缓缓上升，当时的摄影师及时记录这个神奇瞬间，然后洗成照片，又一次引起了社会的震动。但这次又引起无数人的质疑。后来这张照片被送到北京，用科学手段来检验，又一次得出了照片没有作假的结论。

两次发生的舍利放光谜团，让法门寺声名远播，笼罩着一层浓郁的神秘色彩，舍利发光的原因至今没有合理的解释，这也被认为是未解之谜。