孔孟确立了儒家心性学传统，为儒家立教；董仲舒延展儒家宇宙论传统，确立君权神授，将儒家拉上统治地位的神坛。

随着隋唐科举制兴起，儒家学说正式成为官方意识形态，中国“士林”阶层由此形成，中华文化典籍得以延续保存，但儒学思想开始凝固，并受到佛道思想冲击挑战，数百年并无大建树，一直到南宋末年朱熹的出现。

朱熹（公元1130-1200年）是中国历史上的文化集大成者，上承原儒精神，融通佛道，贯通百科，穷理究物，形成儒学最高峰——理学。

他的主要理论如下：

1．“理”是世界本原，（太极）是自然和社会的形而上者，“理”比“气” （物质）逻辑在先。

2．“理”是事物的发展规律。

3．“理”是伦理道德价值本源。

4．“理”落在人身上就是人性。

5．“气”是万物的质料，万物是理与气的统一，理是主，气为客。

6．“理”依“气”而生万物，“气”展开一分为二（阴阳），动静不息的规律。

朱子认为世界万物的终极超越是“理”， “天”的神秘特征被客观形而上的“理”所取代，中国人神性的天空从此消失，天理、人理、物理、事理从此“合一”，天下只“一理”，随气（质料）组合不同而有所区别，即所谓“理一分殊”。

落到人性上， “天命之性”是“理”的结果，出“道心”，为仁义礼智之本。“气质之性”是理与气结合的结果，出“人心”，是安顿欲望之心。道心通过人心安顿，人心需服从道心。

朱熹对万物与其本体关系的论述体现于其理气之辩中。

天地之间，有理有气。理也者，形而上之道也，生物之本也气也者，形而下之器也，生物之具也。是以人物之生，必票此理，然后有性，必禀此气，然后有形。

首先，朱熹认为理气是不可分的。理是事物所成之依据，而气是事物所成之材料，物之成坏正是气之聚散，两者之关系类似于亚里士多德提出的形式因与质料因。所以朱熹认为理与气是浑然一体而不可分的，即“天下未有无理之气，亦未有无气之理”。

其次，理气固然不可分，亦无时间之先后，即不是先有理再有相应之气，但就两者的重要性而言，自是理在气先。朱熹讲到理气之先后关系时说： “此本无先后之可言，然为欲推其所从来，则须说先有是理。”

最后，朱熹取“理一分殊”来说明万物与理的关系。 “太极只是天地万物之理。在天地言，则天地中有太极；在万物言，则万物中各有太极。”这正是对程伊川理一分殊之说的展开。

此理一分殊即佛学中的“月印万川”，月只有一个，到了不同江河湖泊中，便有一诸多不同形式的分身，但理之本体只是一个。

所以朱熹之理与气并不完全类似一般与特殊，朱熹之理是一个“绝对的本体”，整个世界只是此一理之变现，理是万物的超越依据。

对于心之体的问题，朱熹提出了天命之性与气质之性的区分。天命之性是从理上讲的，是人禀受天理而成的性；气质之性则是天理具体到人之气上所成的性，是从现实中具体的人来讲的。

孟子之性善之性只是指天命之性，而荀子之性恶之性只是指气质之性而言，显然朱子是做了更为细致的分析。其实朱子此处面对的问题与佛学对真如本体是善是恶的分析是一样的，也是力图解释心之体以及外在世界何以杂染的问题。

具体到心性杂染问题，朱子还提出了“已发未发”的概念。朱熹认为未发之中为性，是心之体；已发为情，是心之用；心主统性情，贯通于已发未发之间。比如仁义礼智等是心之本性，表现出来即为羞恶辞让等，心之本性是善的，如果发而不中节，发的不恰当，则表现为恶。